Marillion vznikol v roku 1979, spočiatku ako inštrumentálna skupina pod názvom Simarillion podľa knihy J. R. R. Tolkiena. Zakladajúcimi členmi sú Steve Rothery (gitara), Doug Irvine (basa), Brian Jelliman (klávesy) a Mick Pointer (bicie). V roku 1981 sa k nim pripojil spevák Derek Wiliam Dick, lepšie známy pod menom Fish a basu prevzal Diz Minnitt. Názov bol kvôli predídeniu prípadnému sporu o autorské práva skrátený na Marillion. V ďalšom vývoji bolli Minnitt a Jelliman nahradení klávesákom Markom Kellym a basákom Petom Trewavasom. V tejto zostave vydali u EMI v októbri 1982 singel "Market Square Heroes". Jeho Maxi verzia obsahuje na B-strane epickú 17-minútovú skladbu "Grendel".
V roku 1983 vydávajú svoj prvý album Script for a Jester's Tear. Hudba tohoto album vyšla z intenzívneno koncertovania predchádzajúcich rokov. V priebehu propagácie albumu odchádza Mick Pointer, a po vystriedaní ďalších troch bubeníkov, ho nahrádza Ian Mosley.
V roku 1984 prichádza druhé album Fugazi. Hudba sa oproti prvému albumu obohacuje o viac elektronického zvuku. V novembri vydávajú prvý živý album Real to Reel.
Tretí a komerčne najúspešnejší album je Misplaced Childhood, ktorý vychádza v roku 1985. Album je viac komerčnejšie zameraný ako predchádzajúce a vychádza z neho singel "Kayleigh". Táto pieseň sa stala internacionálnym hitom a je snáď najznámejšou v histórii Marillionu.
Štvrtým albumom je v 1987 vydaný. Clutching at Straws s úspešným singlom "Incommunicado". V skupine sa začínajú množiť spory medzi Fishom na jednej strane a ostatnými členmi na druhej. 15.septembra 1988 oznamuje EMI v tlačovej správe oficiálne odchod Fisha z Marillionu. Posledným spoločný koncert bol 23. júla 1988 v Craigtoun Country Park v škótskom St.Andrews a ich posledným spoločným albumom je koncertný The Thieving Magpie vydaný v roku 1988.
Hogarth – éra (od 1989)
Novým spevákom Marillionu sa stáva klávesák a príležitostný spevák The Europeans Steve Hogarth, ktorý nastupuje do zložitej situácie. Skupina má už pripravené nejaké demonahrávky k novému albumu. Fish si pri odchode vzal rozpracované texty a Hogarth musel urobiť nové do jestvujúcej hudby. Prvým albumom s Hogarthom je v roku 1989 vydaný Seasons End. Jedným z jeho vrcholov je skladba "Easter", ktorá je dodnes nevyhnutnou súčasťou koncertov Marillionu.
Druhým albumom Hogarthovej éry je Holidays In Eden vydaný v roku 1991. Je to prvý album zložený za vzájomnej spolupráce celého nového zloženia skupiny. Ide o najpopovejší album Marillionu, ktorý vzbudil nevôľu u časti pôvodných fanúšikov.
Ďalším albumom bol Brave vydaný v roku 1994. Ide o temný koncepčný album, skupina potrebovala 18 mesiacov na jeho vytvorenie. Spracúva sa tu osud mladej ženy, ktorá ukončila svoj život skokom z mosta. Napriek dobrým kritikám a vrelému prijatiu fanúšikov ide o komerčný neúspech. K albumu bol natočený rovnomenný nezávislý film, v ktorom si zahral aj Steve Hogarth.
V roku 1995 nasleduje Afraid Of Sunlight, ktorý je posledným albumom nahraným u EMI. Skladba "Out Of This World" pojednáva o britskom rekordérovi v rýchlosti motorových člnov Donaldovi Campbellovi, ktorý pri jednom z pokusov o prekonanie rýchlostného rekordu zahynul.
Nasledoval album This Strange Engine vydaný 1997 u novej spoločnosti Castle Records. Po tom ako skupina na svojej internetovej stránke zverejnila, že z finančných dôvodov nemôže uskutočniť turné po Spojených štátov, vznikla medzi jej americkými fanúšikmi spontánna zbierka. Vyzbieralo sa 60000 dolárov a Marillion zavítal do USA. Lojálna základňa fanúšikov a internet sa stáva dôležitou súčasťou existencie Marillionu a skupina venuje vzťahom s fanúšikmi veľkú pozornosť.
Desiatym albumom je Radiation vydaný 1998 prijatý u fanúčikov so zmiešanými ohlasmi. Nasleduje v roku 1999 marillion.com, na ktorého produkcii sa podieľal Steven Wilson. Skupina nie je spokojná so svojou situáciou ohľadne nahrávacej spoločnosti.
Pre vydanie nasledujúceho albumu Anoraknophobia Marillion skúša radikálne nový spôsob financovania jeho nahrávania. Skupina štartuje predobjednávanie albumu ešte pred začiatkom jeho nahrávania v štúdiu. Výsledkom je viac ako 12000 predobjednávok a album je vydaný v roku 2001. Skupina podpisuje s EMI iba distribučný kontrakt. Tento postup im umožnil zabezpečiť si plnú kontrolu nad svojou hudbou a zároveň využiť distribučnú sieť veľkej spoločnosti.
Podobný spôsob financovania bol použitý aj pre nasledujúci album Marbles. Vychádza v roku 2004 v dvoch verziách – plnohodnotná na 2CD pre predplatiteľov (tentokrát sa ich našlo 18000) a neskôr zakúpiteľná iba cez stránku Marillionu, a oklieštená verzia na 1CD určená pre predaj v bežnej obchodnej sieti. Album bol veľmi dobre prijatý fanúšikmi ako aj kritikou.
26. augusta 2007 sa uskutočnilo jedinečné vystúpenie. Z príležitosti festivalu v Aylesbury – v rodnom meste skupiny zahral Marillion spoločne s Fishom ich prvý singel "Market Square Heroes".
V apríli 2007 vyšiel štrnásty album Somewhere Else a v októbri 2008 Happiness Is The Road. Deluxe verzia na predobjednanie obsahuje v booklete o rozsahu knihy zoznam mien predobjednávateľov. Ide o dvojalbum, ktorý bol v normálnej verzii predávaný ako dve samostatné CD.
V októbri 2010 vyšiel album Less Is More, ktorý obsahuje akusticky nahrané známe skladby z Hogarthovej éry.
Od roku 1998 vydáva Marillion pre fanúšikov, organizovaných vo fankluboch po celom svete, k Vianociam špeciálne CD. Tieto obsahujú záznamy z koncertov, špeciálne akustické verzie skladieb a podobne.
Pri svojich koncertných šnúrach uprednostňuje Marillion kluby a menšie sály. Často hrajú aj skladby podľa spontánnych želaní publika. Od roku 2001 sa každý druhý rok uskutočňuje Marillion-Convention. Ide o celovíkendové podujatie pozostávajúce z troch koncertov a zo stretnutí so skupinou.
